Sejak ditetapkan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa proses pemilihan kepala desa dilakukan secara langsung tetapi mekanisme pemilihan diatur oleh Pemerintah Daerah melalui Peraturan Daerah. Meskipun desa merupakan unsur paling dasar dalam pemerintahan daerah di Indonesia dalam kerangka unitary state, proses pembagian kekuasaan dari Pemerintah Daerah kepada Pemerintah Desa harus tetap dilakukan. Misalnya proses pembangunan wilayah desa harus sesuai dengan seluruh kebijakan pembangunan Pemerintah Daerah tampak bahwa Kebijakan Otonomi Desa tidaklah berarti Desa dapat berkehendak secara bebas sesuai dengan aspirasi masyarakatnya karena segala kehendak tetap dibatasi oleh kepentingan besar dari Pemerintah Daerah.

Makna Otonomi Desa bagi masyarakat desa adalah keterlibatan dan kebebasan dalam mengurus dan mengembangkan desanya sesuai dengan adat istiadat, budaya, norma dan nilai serta potensi desa setempat. Hal ini salah satunya diwujudkan melalui pemilihan kepala desa secara langsung, sesuai dengan amanat Pasal 40 Peraturan Pemerintah Nomor 43 Tahun 2014 Peraturan Pelaksanaan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa. Teknis tahapan pemilihan Kepala Desa juga telah diatur dalam Pasal 41 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 43 Tahun 2014 Peraturan Pelaksanaan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa yang menyebutkan bahwa tahapan pelaksanaan pemilihan Kepala Desa dimulai dari tahap persiapan, kemudian dilanjutkan ke tahap pencalonan, pemungutan suara, hingga tahap akhir yaitu penetapan. Pengaturan tahapan pemilihan Kepala Desa ini dimaksudkan agar proses pelaksanaan pemilihan Kepala Desa dapat sistematis dan terarah.

Semua tahapan pelaksanaan pemilihan kepala desa tidak lepas dari partisipasi masyarakat desa, sebagaimana diuraikan sebelumnya bahwa pemilihan kepala desa adalah manifestasi pelaksanaan demokrasi di Indonesia atau lebih tepatnya demokrasi lokal sehingga keterlibatan masyarakat dalam pelaksaaannya sangat dibutuhkan. Karena produk pemilihan tersebut yang menjalankan roda pemerintahan desa selama 6 (enam) tahun kedepan, maka calon kepala desa diharapkan harus memahami adat istiadat, nilai budaya dan potensi yang dimiliki desa untuk dapat dikembangkan. Kasus Corona Virus Disease 2019 terkonfirmasi masuk ke Indonesia pada bulan maret 2020 kemudian ditetapkan menjadi pandemi Corona Virus Disease 2019 sampai saat ini. Semua aspek kehidupan mengalami gangguan tidak terkecuali kehidupan masyarakat desa juga terkena dampak yang begitu besar.

Selama pandemi Corona Virus Disease 2019 pelaksanaan seluruh tahapan pemilihan kepala desa dilakukan penghentian oleh Kementerian Dalam Negeri mengingat kasus covid-19 semakin meningkat, guna menghindari kluster baru di desa maka kebijakan tersebut harus diambil meskipun mengakibatkan terhambatnya proses suksesi kepemimpinan di desa sehingga desa yang telah habis masa jabatan kepala desa maka Kepala Daerah menunjuk Pejabat Kepala Desa dari PNS untuk melaksankan jalannya Pemerintahan Desa sampai ditetapkan Kepala Desa terpilih.

Untuk mengatasi kekosongan kepala desa yang telah habis masa jabatannya dan semakin gencarnya vaksinasi oleh Pemerintah maka pemilihan kepala desa sudah dapat dilaksanakan dengan penerapan protokol kesehatan yang ketat. Maka Kementerian Dalam Negeri telah menetapkan Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 72 Tahun 2020 tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 112 Tahun 2014 tentang Pemilihan Kepala Desa mengatur mengenai mekanisme dan tata cara pelaksanaan pemilihan kepala desa dengan menyesuaikan ketentuan protokol kesehatan, mulai dari tahap seleksi, kampanye, pencoblosan, perhitungan suara sampai saat pelantikan.

Pelaksanaan pemilihan kepala desa dalam kondisi bencana nonalam Corona Virus Disease 2019 dilakukan dengan penerapan protokol kesehatan yang meliputi:

1. melakukan pengukuran suhu tubuh bagi seluruh unsur pelaksana paling tinggi 37,3° Celsius;
2. penggunaan alat pelindung diri berupa masker yang menutupi hidung dan mulut hingga dagu dan/atau dengan pelindung wajah serta sarung tangan sekali pakai bagi panitia pemilihan Kepala Desa dan pemilih;
3. penyediaan tempat sampah tertutup di TPS untuk pembuangan sarung tangan sekali pakai;
4. tidak melakukan jabat tangan atau kontak fisik serta menjaga jarak antara 1 (satu) sampai dengan 2 (dua) meter;
5. menghindari terjadinya kerumunan baik di dalam maupun luar ruangan;
6. penyediaan tempat cuci tangan dengan sabun dan air mengalir serta hand sanitizer di tempat penyelenggaraan;
7. panitia dan pemilih membawa alat tulis masing-masing;
8. melakukan penyemprotan disinfektan pada tempat pelaksanaan penyelenggaraan sebelum dan setelah pelaksanaan kegiatan;
9. penyusunan tata letak tempat duduk dengan penerapan jaga jarak;
10. penyediaan sumber daya kesehatan sebagai antisipasi keadaan darurat berupa obat, perbekalan kesehatan, dan/atau personel yang memiliki kemampuan di bidang kesehatan atau tim dari satuan tugas Penanganan Corona Virus Disease 2019 Desa; dan
11. protokol kesehatan pencegahan Corona Virus Disease 2019 sesuai dengan kebutuhan yang ditetapkan dalam keputusan bupati/wali kota.

Walaupun terjadi pembatasan kegiatan selama pelaksanaan pemilihan kepala desa, nilai demokrasi tidak dapat dihilangkan misalnya pengenalan masyarakat kepada bakal calon kepala desa yang akan dipilih harus tetap dilaksanakan tetapi harus memperhatikan zona penyebaran covid-19 di desa dan mematuhi aturan protokol kesehatan yang ditetapkan. Aturan kampanye yang harus diperhatikan antara lain:

1. dilarang melaksanakan kegiatan bazar, konser, pertunjukan seni budaya, pawai kendaraan bermotor serta kegiatan lomba dan olahraga bersama;
2. pelaksanaan Kampanye diutamakan menggunakan media cetak dan media elektronik dan/atau media sosial;
3. dalam hal Kampanye tidak dapat dilakukan sebagaimana dimaksud pada huruf b, dapat dilaksanakan dengan membatasi jumlah peserta yang hadir paling banyak 50 (lima puluh) orang dengan tetap menerapkan protokol kesehatan;
4. pembagian bahan Kampanye harus dalam keadaan bersih, dibungkus dengan bahan yang tahan terhadap zat cair, telah disterilisasi dan dapat disertai dengan identitas calon Kepala Desa berupa nama, gambar, nomor urut dan pesan Calon Kepala Desa;
5. bahan Kampanye diutamakan berupa masker, sabun cair, hand sanitizer, disinfektan berbasis alkohol 70% (tujuh puluh persen) dan/atau klorin serta sarana cuci tangan; dan
6. Calon Kepala Desa atau pelaksana Kampanye yang positif terpapar Corona Virus Disease 2019 dilarang terlibat dalam kegiatan Kampanye.

Pada waktu pemungutan suara panitia pemilihan kepala desa wajib memperhatikan protocol kesehatan pada masing-masing TPS, diantaranya:

1. melakukan identifikasi kondisi kesehatan terhadap daftar pemilih tetap yang berdomisili dan beraktifitas di luar Desa;
2. tersedianya pembatas transparan pada meja panitia pemilihan Kepala Desa untuk menghindari terjadi kontak langsung antara panitia dengan pemilih;
3. menetapkan waktu pemungutan suara disesuaikan dengan jumlah pemilih, jika pemilih tidak hadir sesuai waktu yang telah ditentukan tetap dapat memberikan hak pilih di akhir waktu pemungutan suara;
4. pemungutan suara wajib mempertimbangkan kondisi demografi Desa, zona penyebaran Corona Virus Disease 2019 serta penyusunan tata letak tempat duduk dengan memperhatikan penerapan jaga jarak;
5. bagi pemilih yang sudah melakukan hak pilih diberikan tinta dengan menggunakan alat tetes; dan
6. berkas dokumen dan/atau perlengkapan secara fisik yang disampaikan dibungkus dengan bahan yang tahan terhadap zat cair.

Terkait pendanaan kegiatan pemilihan kepala desa dibebankan pada Anggaran Pendapatan Dan Belanja Daerah Kabupaten/Kota dan selama pelaksanaan pemilihan dalam kondisi Corona Virus Disease 2019 dapat didukung dari Anggaran Pendapatan dan Belanja masing-masing desa. Bagi Calon Kepala Desa, panitia pemilihan, pendukung dan unsur lain yang melanggar protokol kesehatan yang telah ditetapkan dikenakan sanksi berupa teguran lisan, teguran tertulis I, teguran tertulis II dan disukualifikasi.

Mengingat negara kita masing dalam kondisi bencana nonalam Corona Virus Disease 2019 maka pelakanaan pemilihan kepala desa harus tetap dilakukan mengingat banyak desa yang mengalami kekosongan jabatan Kepala Desa tetapi dengan menerapkan Protokol Kesehatan yang telah ditetapkan. Bupati/Walikota selaku ketua satuan tugas penanganan Corona Virus Disease 2019 Kabupaten/Kota juga berwenang dalam menentukan boleh atau tidak dilaksanakan pemilihan kepala desa dengan memperhatikan data-data penyebaran Corona Virus Disease 2019.